" Η φύσις μηδέν μήτε ατελές ποιεί, μήτε μάτην'' (Αριστοτέλης, 384-322 π.χ.)
" Nature ......loves simplicity and unity" ( J. Kepler, 1571-1630 -Apologia)

- Υγρότοποι και Υγροτοπικές Περιοχές: Αξίες που εμπεριέχουν και λειτουργίες που επιτελούν

ΥΓΡΟΤΟΠΙΚΕΣ ΠΤΥΧΕΣ  (ψηφιακό βιβλίο στο http://issuu.com/tkouss/docs/wetlands-aspects και  στο https://www.scribd.com/document/493855911/Ygrotopon-Ptihes ).
Οι υγρότοποι, σύμφωνα με τις διεθνείς συμβάσεις, είναι “φυσικές ή τεχνητές περιοχές παρόχθιες, παραλίμνιες ή παράκτιες περιοχές, αλυκές, έλη, τέλματα, βάλτοι ή και κατακλυζόμενες, μόνιμα ή πρόσκαιρα, από τα νερά της βροχής εκτάσεις, αλλά και περιοχές που καλύπτονται από θαλασσινό νερό το βάθος του οποίου κατά την αμπώτιδα δεν ξεπερνάει τα έξι μέτρα” .
Οι υγρότοποι είναι γνωστό ότι αποτελούν ευαίσθητα οικοσυστήματα, έχουν ανυπολόγιστη αξίας για την οικονομία της φύσης, τη λειτουργία της και την περιβαλλοντικής μας κληρονομιά, καθώς :
-Προσφέρουν οικονομικές, πολιτιστικές,  επιστημονικές και ψυχαγωγικές δυνατότητες.
-Αποτελούν κυρίαρχο στοιχείο για την υδρομηχανική ισορροπία του εδάφους.
Ρυθμίζουν την υδρολογική ισορροπία, δηλαδή το κλίμα, τη ροή και τη στάθμη των υδάτων.
-Ανήκουν στα παραγωγικότερα σε βιομάζα οικοσυστήματα.
-Είναι περιοχές αδιάκοπων ενεργειακών διεργασιών.
-Συγκεντρώνουν μεγάλη ποικιλότητα σε είδη χλωρίδας και πανίδας κ.ά.
Είναι γνωστό ότι από τις λειτουργίες των υγροτόπων απορρέουν “αξίες  οι οποίες έχουν ορισμένη δυναμική  για κάθε υγροτοπική περιοχή. Έτσι, με τη γνώση των αξιών κάθε υγροτόπου μπορεί να διαπιστωθεί η σημαντικότητα ή όχι της περιοχής. Στις ερευνητέες αξίες συγκαταλέγονται μεταξύ των άλλων η βιοποικιλότητα, η ορνιθολογική, η αλιευτική και η χλωριδική τους αξία, η αποταμίευση νερού, η συγκράτηση και εξουδετέρωση τοξικών, θρεπτικών και άλλων συστατικών και ουσιών κ.ά. Οσες από τις “αξίες” μπορούν να χρησιμοποιηθούν από τον άνθρωπο αποτελούν τις “χρήσεις” του υγρότοπου, δηλαδή την κινητική ενέργεια του συστήματος και επομένως η ορθολογική διαχείριση των χρήσεων κάθε υγροτόπου  συντελεί στη διατήρησή του.....(για τη συνέχεια)
Πέρα όμως από τη σημαντικότητα ή όχι των ''λειτουργιών'' που περικλείει κάθε υγρότοπος, πρωταρχικής επίσης σημασίας, ερευνητέο και βάση για το βαθμό αποκατάστασης των λειτουργιών του υγροτόπου, αποτελεί ο τύπος και το είδος της “υδροπεριόδου” που σήμερα επικρατεί και εκείνη που επιδιώκεται να διαμορφωθεί μετά τα έργα παρέμβασης. Γιατί, όπως είναι γνωστό από τη διεθνή πρακτική και εμπειρία, η αποκατάσταση πολλών από τις βασικές λειτουργίες κάθε υγροτόπου εξαρτώνται από την υδροπερίοδο του υγροτόπου. 
Η οριοθέτηση για την προστασία κάθε υγροτοπικής περιοχής, τις περισσότερες φορές δεν μπορεί να ακολουθεί τα συγκεκριμένα όρια του υγρότοπου, όπως αυτά έχουν προκύψει από την αναγνώριση. Και αυτό είναι επακόλουθο γιατί:
-μέσα στον υγρότοπο μπορεί να υπάρχουν περιοχές που βρίσκονται κάτω από διαφορετικό καθεστώς ιδιοκτησίας και χρήσης (δημόσιες και ιδιωτικές εκτάσεις, χρήση για βόσκηση, καλλιέργεια, άντληση νερών κ.ά) τα οποία είναι πρακτικά δύσκολο να διευθετηθούν,
- ο υγρότοπος ως οικοσύστημα δεν είναι απομονωμένος από τη γειτονική χέρσο, το γειτονικό δάσος, την ευρύτερη λεκάνη απορροής του και επομένως θα πρέπει να αξιολογείται ως ένα ενιαίο σύνολο, με τις ιδιαιτερότητες και τις επιρροές που προκύπτουν από τα φυσικά αίτια και τις ανθρωπογενείς δραστηριότητες,
- η εύκολη εφαρμογή της οριοθέτησης συνήθως ακολουθεί τα εμφανή και χαρακτηριστικά τοπογραφικά στοιχεία της περιοχής (λόφος, συστάδες δένδρων, αναχώματα, οδικό δίκτυο κ.ά) τα οποία μπορεί και να βρίσκονται έξω από τα στενά όρια του αναγνωρισμένου υγροτόπου.
  Ανάλογα με τους σκοπούς της η οριοθέτηση συνήθως βασίζεται σε διαφορετικά κριτήρια που για παράδειγμα έχουν να κάνουν με τον έμβιο κόσμο που χρειάζεται την ειδική προστασία (ενδημικά ψάρια), με τις κοινωνικοοικονομικές ανάγκες, με την εφικτότητα εφαρμογής των μέτρων κ.ά.
Στην Ελλάδα η οριοθέτηση ενός υγροτόπου για λόγους προστασίας των έμβιων όντων, ακολουθεί τη διαδικασία της “ζώνης” όπου συνήθως οριοθετούνται δύο ζώνες, η περιοχή με τη μικρότερη και τη μεγαλύτερη (πυρήνας) προστασία ή και η ζώνωση σε τέσσερις ζώνες με την αυστηρή προστασία, την ενδιάμεση καθώς και με τη συμβατότητα ή όχι ορισμένων ή όλων των τοπικών δραστηριοτήτων.
Οι κίνδυνοι που απειλούν τους υγροβιότοπους είναι αρκετοί. Υγρότοποι με εξαιρετική πλούσια πανίδα αποστραγγίζονται και αποξηραίνονται για να χρησιμοποιηθούν για τη γεωργική ανάπτυξη ή τα νερά τους χρησιμοποιούνται εντατικά για την άρδευση των γειτονικών γεωργικών καλλιεργειών (Στυμφαλία, Φενεός κά). Εξάλλου, πολλές περιοχές υγροτόπων δέχονται επικίνδυνα βαριά μέταλλα, οικιστικά λύματα, εντομοκτόνα, απορρυπαντικά, πλαστικά και άλλες ουσίες και υλικά που υποβαθμίζουν τις βιοκοινωνίες και την ισορροπία τους. Επομένως, οι υγροτοπικές περιοχές είναι οικοσυστήματα με εκπληκτική δομή και λειτουργικότητα, αποτελούν ζωτικούς χώρους όπου επιβιώνουν αναρίθμητα είδη χλωρίδας και πανίδας, προσφέρουν στον άνθρωπο και στο περιβάλλον γενικότερα οφέλη και υπηρεσίες με κλιματική, οικονομική, πολιτιστική, επιστημονική, ψυχαγωγική και άλλη σημασία. Εξαιτίας της μεγάλης τους παραγωγικότητας συγκεντρώνουν δραστηριότητες του πρωτογενή τομέα οι οποίες συχνά υποβαθμίζουν και διαταράσσουν την οικολογική ισορροπία των υγροτόπων. 
Το σύνολο της επιφάνειας της χώρας (131990 τ.χλμ) καλύπτεται με επιφανειακούς υδατικούς πόρους συνολικής επιφάνειας γύρω στα 2200 τ.χλμ., δηλαδή ποσοστό κάλυψης 1.6%. Από αυτά οι φυσικές και οι τεχνητές λίμνες καλύπτουν έκταση περίπου 956 τ.χλμ. (47.2%), οι λιμνοθάλασσες 288 τ.χλμ (14.2%), οι ποταμοί έχουν μήκος 4268 χλμ,  και οι εκβολές ποταμών με τα δέλτα τους καλύπτουν έκταση περίπου 723 τ.χλμ. (35.7%) που χρόνο με το χρόνο μειώνονται με έργα αποξήρανσης και διευθέτησής τους. Από την άποψη της γεωγραφικής κάλυψης της χώρας μας με εσωτερικά νερά μπορούμε να πούμε ότι, η πλέον βροχοφόρα περιοχή, η δυτική Ελλάδα έχει τη μεγαλύτερη κάλυψη με εσωτερικά νερά (444 τ.χλμ) και ακολουθούν η κεντρική Μακεδονία (386 τ.χλμ), η Ήπειρος (337 τ.χλμ), η ανατολική Μακεδονία και Θράκη (316 τ.χλμ), η δυτική Μακεδονία (213 τ.χλμ), η Στερεά Ελλάδα (159 τ.χλμ), ενώ μικρότερες εκτάσεις με εσωτερικά ύδατα και υγροτοπικές περιοχές έχουν η Θεσσαλία (59 τ.χλμ), τα νησιά του βόρειου Αιγαίου (33 τ.χλμ), τα Ιόνια νησιά (22 τ.χλμ), η Κρήτη (14 τ.χλμ), τα νησιά του νότιου Αιγαίου (7 τ.χλμ) και τέλος η Αττική (5 τ.χλμ).
Γεωγραφική κατανομή των κυριότερων επιφανειακών υδατικών πόρων στην Ελλάδα  (φυσικές και τεχνητές λίμνες, λιμνοθάλασσες, ποταμοί, έλη και άλλες υγροτοπικές περιοχές, ανά γεωγραφικό διαμέρισμα (αριθμός και έκταση σε τετραγωνικά χιλιόμετρα)).


Γεωγραφικό Διαμέρισμα

 

Λίμνες

Φυσικές

Λίμνες Τεχνητές

Λιμνοθά-λασσες

Ποταμοί

Έλη

Άλλοι

Υγρότοποι

 

Νο

τ.χλμ

Νο

τ.χλμ

Νο

τ.χλμ

Νο

χλμ

Νο

τ.χλμ

Νο

τ.χλμ

 

Μακεδονία  & Θράκη

 

14

 

370

 

5

 

150

 

7

 

63

 

29

 

1737

 

9

 

10

 

17

 

323

 

Θεσσαλία

 

3

 

1

 

3

 

30

 

4

 

0.7

 

8

 

649

 

13

 

2

 

6

 

26

 

Ηπειρος

 

13

 

32

 

2

 

54

 

3

 

2

 

8

 

466

 

2

 

0.6

 

6

 

248

 

Στερεά &

Δ. Ελλάδα

 

15

 

188

 

8

 

121

 

14

 

297

 

21

 

846

 

13

 

10

 

16

 

102

 

Πελοπόννησος

 

4

 

6

 

1

 

1.4

 

6

 

4

 

7

 

276

 

7

 

11

 

5

 

29

 

Νησιά Β.Αιγαίου

 

-

 

-

 

1

 

2

 

6

 

13

 

1

 

8

 

12

 

16

 

2

 

0.8

 

Νησιά Ν. Αιγαίου

 

3

 

0.4

 

2

 

0.2

 

7

 

2.5

 

6

 

65

 

11

 

4

 

-

 

-

 

Νησιά Ιονίου

 

3

 

0.1

 

-

 

-

 

10

 

21

 

2

 

20

 

2

 

0.5

 

4

 

0.2

 

Κρήτη

 

1

 

0.6

 

3

 

0.3

 

3

 

4

 

9

 

201

 

6

 

3

 

15

 

5

Μορφολογικά και άλλα Χαρακτηριστικά. Στη διάρκεια της γεωτεκτονικής εξέλιξης της Ελλάδας, οι περισσότερες λίμνες που σχηματίστηκαν πριν από 20 εκατομμύρια χρόνια περίπου, πήραν τη σημερινή τους θέση, που δεν είναι τίποτα άλλο παρά τα απομεινάρια των άλλοτε πολύ μεγάλων λιμνών που σκέπαζαν τη χώρα μας. Σήμερα έχουμε γύρω στις 56 φυσικές λίμνες με συνολική έκταση γύρω στα 598 τ.χλμ. Οι μεγαλύτερες σε έκταση είναι οι λίμνες, Τριχωνίδα, Βόλβη, Βεγορίτιδα, Κορώνεια, Βιστωνίδα, Μικρή Πρέσπα, Μεγάλη Πρέσπα, Καστοριά κ.λ.π. Οι φυσικές λίμνες της χώρας  μας εξυπηρετούν την κάλυψη κυρίως αναγκών σε τοπικό επίπεδο, την άρδευση, την αλιεία, την απόρριψη κάθε είδους υλικών και ουσιών μέσα στις λεκάνες και άλλες δραστηριότητες που είναι σταθερές ή και μεταβάλλονται ανάλογα με διάφορους τοπικούς παράγοντες και ιδιαιτερότητες. Από την άποψη της αλιευτικής παραγωγής 20 περίπου λίμνες προσφέρουν αλιεύματα με εμπορική σημασία, συνολικής έκτασης 540 τ.χλμ, με συνολική παραγωγή περίπου 1400 τόνους και με μέση ετήσια απόδοση 2.6 κιλά ανά στρέμμα.
Οι τεχνητές λίμνες από τη φύση της κατασκευής τους, καλύπτουν συνήθως μονομερείς χρήσεις και ο λειτουργικός σκοπός τους εντοπίζεται σχεδόν αποκλειστικά, στην παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας, στην άρδευση και στην ύδρευση, ενώ προδιαγράφονται  προοπτικές για την αξιοποίησή τους, ώστε να καλύπτονται και άλλες χρήσεις, χωρίς να παρεμποδίζεται όμως η κύρια λειτουργικότητά τους. Εκτός από τους ταμιευτήρες για την παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας, υπάρχουν και ταμιευτήρες για πόσιμο νερό, για άρδευση, λιμνοδεξαμενές και μικρές τεχνητές συλλογές νερών.
Oι λιμνοθάλασσες και τα φυσικά ιχθυοτροφεία (287 τ.χλμ.) είναι συνήθως μικρές ή μεγάλες παράκτιες περιοχές στις οποίες εισέρχονται  ψάρια από τη θάλασσα κυρίως για τροφικούς λόγους, ορισμένες εποχές. Συνήθως, χωρίζονται από την ανοικτή θάλασσα με αμμώδεις λουρίδες (ράμματα ή ντολμάδες) που διακόπτονται από φυσικά ή τεχνητά ανοίγματα (στόμια ή μπούκες). Ανήκουν στα πιο παραγωγικά οικοσυστήματα και τούτο γιατί συνεχής είναι ο εμπλουτισμός τους με θρεπτικά συστατικά, ενώ η αλληλεπίδραση γλυκών και θαλασσινών νερών σε συνδυασμό με το αβαθές των περιοχών αυτών δημιουργεί ευνοϊκές συνθήκες προσέλκυσης και γρήγορης ανάπτυξης των οργανισμών. Η σημασία τους επομένως είναι μεγάλη και έγκειται στο ότι διατηρούνται διαρκώς σε νεαρά σχετικά στάδια ως οικοσυστήματα. Αυτό είναι συνέπεια της συνεχούς επίδρασης της θάλασσας που  εφοδιάζει με ενέργεια και υλικά όλα τα τροφικά τους επίπεδα. Οι λιμνοθάλασσες στη χώρα μας  απειλούνται κυρίως από την επίδραση του κυματισμού και τη μειωμένη προσφορά φερτού υλικού ως απόρροια των τεχνικών έργων μονομερούς εξυπηρέτησης. Οι ανθρωπογενείς εξάλλου δραστηριότητες μεταβάλλουν σημαντικά τις μορφολογικές  και υδρολογικές τους συνθήκες γεγονός που προκαλεί έντονες διακυμάνσεις στη θερμοκρασία, και στην αλατότητα, ενώ δημιουργούνται δυσάρεστες για την υδρόβια ζωή συνθήκες. Επομένως, κάθε διαταραχή στο οικοσύστημά τους έχει άμεση επίδραση στην αλιευτική τους παραγωγικότητα. Από αλιευτική παραγωγή οι πλέον αξιόλογες λιμνοθάλασσες στην Ελλάδα είναι περίπου 25 με συνολική έκταση 230 τ.χλμ. και με μέση απόδοση αλιευμάτων 6.3 κιλά ανά στρέμμα και συνολική ετήσια παραγωγή περίπου στους 1500 τόνους. Οι κέφαλοι αποτελούν το μεγαλύτερο ποσοστό της συνολικής παραγωγής (56%). ακολουθούν τα χέλια (18%), τα λαυράκια (8%), τσιπούρες (5%) κ.ά. Το σύνολο των λιμνοθαλασσών και των φυσικών ιχθυοτροφείων προσφέρει αποκλειστικά αξιόλογα αλιεύματα με δυνατότητες περαιτέρω αξιοποίησής τους, όχι μόνο για την αλιευτική παραγωγή, αλλά και για τις  υδατοκαλλιέργειες (καλλιέργειες ψαριών, φυκών κ.ά).
Η Ελλάδα δεν διαθέτει μεγάλους ποταμούς με εξαίρεση τον Αξιό, Νέστο, Στρυμόνα και Έβρο που πηγάζουν έξω από τα σύνορά μας, τους Αχελώο και Αλιάκμονα που βρίσκονται μέσα στην Ελλάδα, ενώ ο Αώος πηγάζει μέσα στην Ελλάδα και χύνεται στην Αλβανία. Οι περισσότεροι από τους ποταμούς  στη χώρα μας είναι χειμαρρώδεις, προκαλούν διαβρώσεις στα εδάφη και η γρήγορη ροή των νερών τους μεταφέρει μεγάλες ποσότητες φερτού υλικού στις εκβολές τους. Αυτή η ανομοιόμορφη χωρο-χρονική παροχή των ποταμών στην Ελλάδα δημιουργεί μηχανισμούς και παράγοντες που καθορίζουν εποχιακά την ποιότητα των ποταμών. Οι ποταμοί υφίστανται ποικίλες επιδράσεις και απειλές όπως είναι οι αμμοληψίες, οι απορρίψεις στερεών και υγρών απορριμμάτων, οι τροποποιήσεις των όχθων τους, ευθυγραμμίσεις, κ.ά. Η απουσία επαρκών έργων δασικής διευθέτησης και αντιπλημμυρικής προστασίας μαζί με την εκτεταμένη υλοτομία και τις δασικές πυρκαγιές, δημιουργούν την απογύμνωση των ελληνικών εδαφών. Ετσι, τα φερτά υλικά από τα απογυμνωμένα εδάφη είναι δυνατό να δημιουργήσουν προβλήματα σε όλο το μήκος των ποταμών, καθώς και στο θαλάσσιο ή λιμναίο αποδέκτη τους. Οι περισσότεροι από τους ποταμούς  έχουν διαφορετικό ρόλο στους τομείς της προστασίας του περιβάλλοντος, των απορρίψεων υγρών και στερεών απορριμμάτων, αλλά και στην άρδευση, ύδρευση, ενέργεια κ.ά.  Αναπόσπαστα τμήματα των ποταμών αποτελούν, οι παρόχθιες περιοχές οι οποίες είναι δυνατό να λειτουργούν ως ζώνες εξυγίανσης και συγκράτησης  ρυπογόνων ουσιών, καθώς και τα δέλτα τους. Τα δέλτα των ποταμών είναι συστήματα με πολύπλοκη, αλλά και λεπτή ισορροπία. Σε αυτά ευνοούνται πολλά είδη υδρόβιων οργανισμών νεαρής κυρίως ηλικίας, γιατί εδώ βρίσκουν άφθονη τροφή. Οι περιοχές αυτές επίσης, συμβάλλουν άμεσα στην αύξηση της παραγωγικότητας και της αλιευτικής παραγωγής. Η λειτουργικότητα των εκβολών και των δέλτα βασίζεται στο ότι τα συστήματα αυτά λειτουργούν ως παγίδες τροφής, δημιουργώντας ένα είδος αυτό-εμπλουτιζόμενου οικολογικού συστήματος ανάμεσα στη θάλασσα και το γλυκό νερό του ποταμού. Από τα οκτώ δέλτα ποταμών στον Έβρο, Νέστο, Αξιό, Αλιάκμονα, Πηνειό, Αχελώο, Άραχθο και Στρυμόνα τα τέσσερα έχουν υποβαθμιστεί από έργα διευθέτησης με αποτέλεσμα ο ζωτικός τους χώρος να έχει συρρικνωθεί.
Οι ορεινές ροές αποτελούν ένα αξιόλογο πόρο εμπλουτισμού των εσωτερικών υδάτων με θρεπτικά συστατικά, αλλά και οργανισμούς, ενώ θα πρέπει να δοθεί ιδιαίτερη προσοχή στη διαχείρισή τους η οποία έχει επιπτώσεις στις κατάντι χρήσεις και στη διατήρηση της προστασίας του περιβάλλοντος. Τα τελευταία χρόνια έχουν γίνει πόλος έλξης για τους ερασιτέχνες αλιείς, αλλά και για την αναψυχή, τα σπορ, την άρδευση και την ύδρευση. Οι κατακλυζόμενες από νερά εκτάσεις αποτελούν ένα ακόμη προβληματικό πόρο ο οποίος χρειάζεται ειδική μεταχείριση και διαχείριση, ώστε  το νερό τους, έστω και εποχιακά, να αξιοποιηθεί κατάλληλα (π.χ. εμπλουτισμός υπόγειων υδροφόρων στρωμάτων). Οι υγρότοποι στο ελληνικό περιβάλλον έχουν ξεχωριστή σημασία και απλώνονται από το δέλτα του Έβρου μέχρι τη λίμνη του Κουρνά στην Κρήτη και από τον υγρότοπο της Κω μέχρι τη λιμνοθάλασσα Αντινιώτη στην Κέρκυρα.
Οι κυριότεροι από τους υγρότοπους της Ελλάδας που έχουν ενταχθεί ή πρόκειται να ενταχθούν σε διεθνείς συμβάσεις είναι:- το δέλτα του ποταμού Έβρου,- το έλος Κουμπουρνού Θράκης, η λίμνη Μητρικό ή Ισμαρίδα και το σύμπλεγμα των γειτονικών λιμνών,- η λίμνη Βιστωνίδα και το Πόρτο Λάγος,- η λίμνη Κερκίνη, - οι λίμνες Βόλβη και Κορώνεια,- το έλος του Αγ. Μάμα στη Χαλκιδική, - το δέλτα των ποταμών Αξιού, Αλιάκμονα και Λουδία,- το δέλτα του Νέστου,- οι λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα,- ο Αμβρακικός κόλπος με τις λιμνοθάλασσες και τους υγροτόπους στους ποταμούς Λούρο και Άραχθο,- το δέλτα του ποταμού Καλαμά,- το δέλτα του ποταμού Σπερχειού,- η λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου και Αιτωλικού,- η λιμνοθάλασσα Κοτύχι και δάσος Στροφυλιάς,- η λίμνη Μουστός ή Μελιγκού Κυνουρίας, - η αλυκή Πιερίας,- μικροί υγρότοποι στη Μήλο, Τήνο, Νάξο, Σκιάθο, Σκόπελο,- η αλυκή, και η χορταρολίμνη στη Λήμνο, - ο κόλπος της Καλλονής στη Λέσβο και οι γύρω μικροί υγρότοποι κ.ά.
 Συνήθως, φυσικά αίτια και ανθρωπογενείς επεμβάσεις έχουν προκαλέσει εδώ και αρκετά χρόνια, βλάβες και καταστροφές στους ελληνικούς υγροτόπους. Φαίνεται εξάλλου, ότι  διάφορα προβλήματα είναι υπεύθυνα για την απώλεια πολλών φυσικών λειτουργιών των υγροτόπων που σήμερα υπάρχουν, ενώ μέχρι με αποσπασματικό τρόπο αντιμετωπίζεται κάθε προβληματική κατάσταση. Η αποκατάσταση των βασικών λειτουργιών ενός υγροτόπου είναι μια χρονοβόρα φυσική εν πολλοίς διαδικασία, η οποία για να προωθηθεί έχει την ανάγκη υποστήριξης με τεχνικά μέσα, με παρεμβάσεις ήπιου χαρακτήρα, με αξιοποίηση όλων των δυνατοτήτων που σήμερα προσφέρονται στην περιοχή, ενώ οι περιβαλλοντικές, κοινωνικοοικονομικές  και άλλες συνθήκες είναι σήμερα περισσότερο από κάθε άλλη φορά επιδεκτικές για την εφαρμογή των πιο πάνω διαδικασιών. Θα πρέπει εξάλλου να σημειωθεί ότι η αποκατάσταση μέρους των λειτουργιών κάθε υποβαθμισμένου υγροτόπου είναι απαραίτητη προϋπόθεση για τη συνέχιση της περιβαλλοντικής μας κληρονομιάς και της αειφορικής ανάπτυξης της ευρύτερης περιοχής.
Σε γενικές γραμμές οι περισσότεροι των υγροτόπων περιλαμβάνουν ποικιλία βιοτόπων και ενδιαιτημάτων, όπως υγρά λιβάδια, μικρές αβαθείς περιοχές που καλύπτονται περιοδικά ή μόνιμα με νερό, αλοφυτικά έλη, αλίπεδα, διαπλάσεις από ελόφυτα, υδρόφυτα και αλόφυτα όπως αλμυρίθρες και αλμυρίκια, ενώ όταν ο υγρότοπος είναι παράκτιος σημαντικό μορφολογικό και λειτουργικό σύστημα αποτελούν οι αμμολουρίδες που διαχωρίζουν τον υγρότοπο από τη γειτονική θαλάσσια περιοχή. Όπως είναι γνωστό, μέσα στην ποικιλία και στον πλούτο των βιοτόπων που συνθέτουν το ελληνικό περιβάλλον, οι υγρότοποι αποτελούν μια ιδιαίτερα σημαντική ενότητα. Οι υγρότοποι ως οικοσυστήματα έχουν πολύπλοκη δομή και λειτουργικότητα, αποτελούν ζωτικούς χώρους για την επιβίωση αναρίθμητων ειδών της πανίδας και της χλωρίδας και προσφέρουν στον άνθρωπο υπηρεσίες και οφέλη με ανυπολόγιστη οικονομική, πολιτιστική, επιστημονική, ψυχαγωγική και άλλη σημασία.
Οι ανθρωπογενείς δραστηριότητες και επεμβάσεις στους υδατικούς πόρους στην Ελλάδα αποτελούν σημαντικό παράγοντα εξέλιξής τους και έχουν άμεσο και έμμεσο χαρακτήρα. Στις άμεσες επεμβάσεις ανήκουν οι αλλαγές στις όχθες και κοίτες, οι εκτροπές, οι εγκιβωτισμοί καναλιών, οι αποξηράνσεις λιμνών, λιμνοθαλασσών,  ελών ή και η διευθέτηση και εκμετάλλευση αυτών για ιχθυοκαλλιέργεια και αλυκές, η επέκταση των καλλιεργειών, γεωργοκτηνοτροφικών εγκαταστάσεων, βιομηχανιών και των οικισμών. Στις έμμεσες επεμβάσεις ανήκουν οι δραστηριότητες εκείνες οι οποίες αλλοιώνουν ή και ανατρέπουν την ισορροπία του φυσικού περιβάλλοντος. Οι κατασκευές φραγμάτων και τεχνητών λιμνών στις κοίτες των ποταμών, διακόπτουν την ελεύθερη ροή του νερού και των υλικών, οι αποψιλώσεις και τα έργα προστασίας από τη διάβρωση και τις πλημμύρες, η απόδοση εδαφών για καλλιέργεια με αντίστοιχη δέσμευση του νερού, ή και η ανεξέλεγκτη εγκατάσταση ανθρωπογενών δραστηριοτήτων κοντά στους υδάτινους πόρους επιδρούν δραστικά στο φυσικό περιβάλλον. Μεταξύ των φυσικών αιτίων οι σπουδαιότερες αλλοιώσεις είναι αποτέλεσμα:-Της φυσικής γήρανσης των οικοσυστημάτων, δηλαδή τα οικοσυστήματα τείνουν προς σταθερότερες συνθήκες.-Των προσχωματικών υλικών που ποτάμια και χείμαρροι μεταφέρουν με τις φυσικές διεργασίες  και που η προσφορά τους εξαρτάται από γεωμορφολογικούς, γεωτεκτονικούς  και  κλιματικούς παράγοντες.-Των αθέατων (υπόγειων) και ορατών εισροών και εκροών υδάτων που αρκετές φορές απειλούν την ύπαρξη του υγροβιότοπου και επιτρέπουν ή εμποδίζουν υδρόβιους οργανισμούς να εποικίζουν την περιοχή.-Της ενέργειας του ανέμου, του κυματισμού και άλλων αιτίων που διαφοροποιούν με τη γνωστή στρωμάτωση τα νερά, μεταβάλλοντας την ποιότητά τους επιδρώντας σε ολόκληρο το οικοσύστημα μεταβάλλοντας την ποιότητα των υδάτων τους και τη φυσιογραφία τους. Οι πιό πάνω αλλοιώσεις, που προέρχονται από τις διεργασίες της φύσης, μπορούν να αντιμετωπιστούν με κατάλληλη διαχείριση, επιβραδύνοντας τα εξελικτικά τους στάδια και με τη βοήθεια τεχνικών μέσων, έργων και ειδικών κατασκευών. Οι αλλοιώσεις όμως που προέρχονται από ανθρωπογενείς δραστηριότητες θα πρέπει να αντιμετωπίζονται στην πηγή τους μετά από  ορθολογικό προγραμματισμό των χρήσεων και λειτουργιών των υδατικών πόρων.
 Προβλήματα και Προοπτικές. Οι πιο πάνω δραστηριότητες φαίνεται ότι προξενούν μεταβολές στο υδρόβιο φυσικό περιβάλλον και το σπουδαιότερο εισάγουν επιπλέον θρεπτικές και άλλες ουσίες σε αυτό. Οι αλλαγές που προξενούνται συχνά εμποδίζουν τις χρήσεις του ύδατος, αφαιρούν την αισθητική του τοπίου και ελαττώνουν τις αξίες του. Τελικά, απειλείται με καταστροφή ο υδάτινος πόρος. Η παρεμπόδιση λοιπόν πρόσθετων ζημιών για κάθε περιοχή είναι επείγουσας προτεραιότητας, με όλα τα μέσα θα πρέπει να επιδιωχθεί και αποτελεί τη βάση για την εξυγίανση , αξιοποίηση και την προστασία των εσωτερικών υδάτων. Για τις φυσικές λίμνες, οι κυριότερες προβληματικές καταστάσεις εντοπίζονται και για το σύνολο των αναφερομένων περιπτώσεων, στην απότομη διακύμανση της στάθμης του νερού,  στην υπερβολική ανάπτυξη της υδρόβιας βλάστησης, στη ρύπανση κ.ά. Για τις τεχνητές λίμνες τα φερτά υλικά και η διακύμανση της στάθμης είναι τα σοβαρότερα προβλήματα  για μια πληθώρα από χρήσεις που είναι δυνατό να συνυπάρξουν εκεί. Ουσιαστικά τα προβλήματα αυτά είναι απόρροια του διαθέσιμου υδροδυναμικού κάθε περιοχής και της λειτουργικότητάς τους. Τα φερτά υλικά που απειλούν με “μπάζωμα” τις τεχνητές λίμνες είναι απόρροια της ερήμωσης των ελληνικών εδαφών που κατά κύριο λόγο προέρχονται από την υπερβόσκηση, την ανεξέλεγκτη υλοτομία και τις πυρκαγιές.  Η διακύμανση  της στάθμης των ταμιευτήρων θα μπορούσε να μετριαστεί και να μεθοδευτεί κατάλληλα, ώστε να είναι δυνατή η συνύπαρξη και άλλων χρήσεων, αξιοποιώντας έτσι το υδάτινο δυναμικό τα μέγιστα, στο ξηροθερμικό ελληνικό περιβάλλον.
Οι προβληματικές καταστάσεις για τις λιμνοθάλασσες και τα φυσικά ιχθυοτροφεία προέρχονται από φυσικά αίτια (ενέργεια κυματισμού, απόθεση ή μη υλικών στα στόμια,  υδρολογικές συνθήκες, διαβρωσιγενή φαινόμενα  κ.ά)  από ρύπανση των υδάτων και από τη μείωση ή και έλλειψη ιχθύων που τροφοδοτούν τους πλουτοπαραγωγικούς αυτούς πόρους.  Ως προς τις λιμνοθάλασσες η προσοχή εντοπίζεται στο να προστατευθεί και διατηρηθεί το υδρολογικό τους καθεστώς, αλλά και η προστασία τους από την ενέργεια του κυματισμού, τις πλημμύρες και τη ρύπανση. Ζωτικής σημασία για αυτές έχουν οι αμμολουρονησίδες, καθώς και οι δίοδοι επικοινωνίας θάλασσας- λιμνοθάλασσας και η τροφοδοσία τους με γλυκά νερά. Ορισμένα χαρακτηριστικά παραδείγματα περιοχών που έχουν υποστεί αλλοιώσεις και που αποτελούν περιπτώσεις για αποφυγή, αλλά και προβλήματα που πρέπει να αντιμετωπιστούν είναι οι:
-Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου: Tα έργα αποστράγγισης των υγροτόπων της περιοχής και οι σημειακές σήμερα εκροές των γλυκών νερών, με τη βοήθεια αντλιοστασίων, έχουν μεταβάλλει το υδρολογικό καθεστώς της λιμνοθάλασσας. Επιπλέον, τα λύματα μαζί με την υπεραλίευση ή και την εκλεκτική αλίευση έχουν δημιουργήσει σοβαρά προβλήματα στις πλουτοπαραγωγικές δυνατότητες της λιμνοθάλασσας. Σε αυτά θα πρέπει με έμφαση να αναφερθεί και η έλλειψη αφθονίας φερτού υλικού, που άλλοτε χαρακτήριζε την περιοχή, ως αποτέλεσμα της τροποποίησης των παροχών του Αχελώου ποταμού και της γενικότερης υδρονομίας του.
 -Λιμνοθάλασσα Αμβρακικού: Οι ποταμοί Άραχθος και Λούρος με τα νερά και τα φερτά τους υλικά επηρέαζαν την παραγωγικότητα του κόλπου και κατ’αντιστοιχία τα ιχθυοτροφεία της περιοχής. Τα κάθε είδους τεχνικά έργα (υδροηλεκτρικό φράγμα στο Πουρνάρι, αποστραγγιστικά κανάλια κ.ά), οι απορρίψεις και η υπεραλίευση του κόλπου εμποδίζουν τον εφοδιασμό των ιχθυοτροφείων με αλιεύματα. Η οριοθέτηση της περιοχής,  σύμφωνα με τις διεθνείς συμβάσεις, αποτελεί  ένα από τα σημαντικά βήματα για την προστασία του περιβάλλοντος, αλλά θα πρέπει να ενισχυθούν οι αμμολουρίδες για να προστατευτούν και διατηρηθούν οι λιμνοθάλασσες.
-Ποταμός Αχελώος: Η δυναμικότητα του Αχελώου χρησιμοποιείται σχεδόν μονομερώς για παραγωγή ενέργειας, για άρδευση και ύδρευση, με αποτέλεσμα οι υπόλοιποι πλουτοπαραγωγικοί του πόροι να συμπιέζονται. Τα υδροηλεκτρικά φράγματα κατά μήκος του φαίνεται ότι έχουν μονιμοποιήσει την κατάσταση στα ιχθυοτροφεία του Μεσολογγίου. Η συνεχή απελευθέρωση νερών από τον πυθμένα των τεχνητών λιμνών μαζί με τα φερτά τους θα υποβοηθήσουν την παραγωγικότητα στον κόλπο του Μεσολογγίου.
-Ποταμός Πηνειός: Η μικρή δυναμικότητα του Πηνειού στο να απορροφήσει τις κάθε είδους απορρίψεις, δημιουργεί προβλήματα ποιότητας των νερών καθόλο το μήκος του, τη στιγμή που οι κάθε είδους απορρίψεις αυξάνονται. Η έλλειψη επεξεργασίας λυμάτων και αποβλήτων σε συνδυασμό με το αποσπασματικό υδρολογικό καθεστώς του ποταμού, δημιουργεί προβλήματα ακόμη και στις εκβολές του όπου υπάρχει ένας σημαντικός υγρότοπος.
-Ποταμός Νέστος: Η ποιότητα των νερών του Νέστου εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από τις απορρίψεις στη γειτονική Βουλγαρία, από την οποία προέρχεται ο ποταμός. Τα τεχνικά έργα κατά μήκος του και οι ευθυγραμμίσεις των όχθων του, λειτουργούν αρνητικά, τόσο στη διατήρηση του περιβάλλοντος που χαρακτηριζόταν άλλοτε από παραποτάμια δάση, όσο και στην προστασία και παραγωγικότητα των ιχθυοτροφείων που βρίσκονται στις εκβολές του. Διακρατικές συμφωνίες για τη διατήρηση της ποιότητας των νερών του, παρακαμπτήρια κανάλια, προστασία των υγρών λιβαδιών από τη βόσκηση, επανεξέταση ή και παρεμβάσεις στα τεχνικά έργα, μέσα από οικολογική προσέγγιση, αποτελούν αρχές που μπορούν να υποβοηθήσουν το οικοσύστημα του ποταμού και του περιβάλλοντος γενικότερα.
Τα τελευταία έτη οι πλημμύρες και τα πλημμυρικά φαινόμενα είναι αιτία που χάνονται ζωές, καταστρέφονται καλλιεργούμενες εκτάσεις, τεχνικά έργα και περιουσίες και για μερικές μέρες παραλύουν οι δραστηριότητες στις περιοχές που πλήττονται από αυτές. Η κύρια αιτία των πλημμυρικών φαινομένων είναι το ύψος και οι ραγδαίες βροχοπτώσεις σε συνδυασμό με την αδυναμία παροχέτευσης του φυσικού ή του τεχνητού αποχετευτικού συστήματος πάνω από ένα ορισμένο ύψος παροχής νερού. Υπάρχουν όμως και άλλα αίτια που προκαλούν τις πλημμύρες και τα οποία στην πλειονότητά τους οφείλονται σε ανθρώπινες ενέργειες, παρεμβάσεις και επεμβάσεις. Μεταξύ των αιτίων αυτών αναφέρονται οι καταστροφές των δασών από πυρκαγιές και εκτεταμένες υλοτομίες, από επιχωματώσεις των φυσικών οδών απορροής των νερών, από άστοχες παρεμβάσεις με τεχνικά έργα, από μετατροπή στραγγιστικών τάφρων σε αρδευτικές διώρυγες, αυθαίρετες παρεμβάσεις σε αναχώματα κλπ. 
Με τα μέχρι σήμερα δεδομένα (μορφολογικά, υδρολογικά, ποιοτικά, τροφικά κ.ά) μπορούν να διατυπωθούν τα παρακάτω σχετικά με την επικρατούσα  κατάσταση και τα προβλήματα που υπάρχουν ή και ανακύπτουν στις κυριότερες ελληνικές λίμνες:
-Τριχωνίδα: Η μεγαλύτερη σε έκταση λίμνη της Ελλάδας, δέχεται ποικιλία από επιδράσεις (γεωργοκτηνοτροφικές δραστηριότητες, αστικές απορρίψεις), αλλά κατορθώνει να τις αντιπαρέρχεται επειδή τα νερά της έχουν γρήγορο ρυθμό ανανέωσης σε συνδυασμό με το μεγάλο όγκο των νερών της. Η μεγάλη διαφάνεια στα νερά της, η καλή τους οξυγόνωση, οι σχεδόν μικρές συγκεντρώσεις των θρεπτικών τους αλάτων είναι μερικά από εκείνα τα χαρακτηριστικά που χαρακτηρίζουν την λίμνη  ολιγοτροφική έως μεσοτροφική. Η σημασία που έχει αυτή η λίμνη είναι ότι αποτελεί μια πολύ μεγάλη δεξαμενή νερού, υπάρχει από την άποψη του περιβάλλοντος ιδιαίτερο ενδιαφέρον γιατί στην Τριχωνίδα έχουν περιγραφεί πολλά είδη ενδημικής πανίδας και χλωρίδας, τόσο από το πλαγκτό, όσο και από την ασπόνδυλη πανίδα και τα ψάρια της, ενώ και η αλιευτική της παραγωγή δεν είναι αμελητέα αφού μια αρκετή μεγάλη ποσότητα αλιευμάτων εξυπηρετεί τις ανάγκες της Αιτωλοακαρνανίας αλλά και ακόμη μακρύτερα αφού η αθερίνα της έχει υψηλή εμπορική σημασία και πωλείται στην Πάτρα και την Αθήνα. Για την προστασία της λίμνης, των βιολογικών της πόρων και της ποιότητας των νερών της ιδιαίτερη σημασία θα πρέπει να δοθεί σε έργα αποχέτευσης και εγκαταστάσεων επεξεργασίας λυμάτων και αποβλήτων των παραλίμνιων οικισμών και των μεταποιητικών μονάδων επεξεργασίας αγροτικών προϊόντων.
-Βόλβη: Παρόλο το μεγάλο βάθος της η λίμνη χαρακτηρίζεται ως μεσο-ευτροφική δηλαδή είναι σχετικά πλούσια σε θρεπτικά συστατικά. Οι εντατικοποιημένες γεωργοκτηνοτροφικές δραστηριότητες, η επέκταση της αστικής περιοχής και οι εγκαταστάσεις στην ευρύτερη περιοχή βιοτεχνιών και βιομηχανιών, επιδρούν λιγότερο ή περισσότερο στο οικοσύστημα της λίμνης εμπλουτίζοντας το περιβάλλον με επιπλέον θρεπτικά και τοξικά συστατικά. Τα θρεπτικά άλατα είναι αυξημένα, η διαφάνεια των νερών της σχετικά μικρή και το οξυγόνο βρίσκεται σε οριακές συγκεντρώσεις κυρίως κοντά στον πυθμένα με αποτέλεσμα να δημιουργούνται όχι πολύ συχνά δυσάρεστες για την υδρόβια ζωή και το περιβάλλον καταστάσεις. Στη Βόλβη βρίσκεται η λιπαριά, το μοναδικό ενδημικό είδος ψαριού στον κόσμο,  τα περκιά και τα χέλια λιγοστεύουν, ενώ με παρεμβάσεις του ανθρώπου έχει αλλοιωθεί η ιχθυοπανίδα της λίμνης αφού έχει εμπλουτιστεί με γλανίδια, πεταλούδες, κουνουπόψαρα και ψευδορασμπόρα. Οι εγκαταστάσεις επεξεργασίας λυμάτων και αποβλήτων, η βελτιστοποίηση της γεωργικής παραγωγής με ήπιες και συμβατές με το φυσικό περιβάλλον πρακτικές, η διατήρηση της στάθμης της λίμνης στα σημερινά επίπεδα, η εξασφάλιση της συνέχειας του νερού στα ρέματα της περιοχής, χωρίς την παρεμβολή τεχνικών έργων που εμποδίζουν τις μετακινήσεις των οργανισμών και την ενίσχυση της ποικιλίας των φυσικών ενδιαιτημάτων με την ορθολογική διαχείριση των καλαμώνων και του υδάτινου συστήματος της περιοχής είναι από τις προτάσεις που θα πρέπει να προωθηθούν για το περιβάλλον, τη βιοποικιλότητα και τη διατήρηση της παράδοσης μας.
 -Βεγορίτιδα: Η βαθύτερη (75μ.) λίμνη της χώρας μας, δέχεται βιομηχανικά απόβλητα από τα εργοστάσια της περιοχής Πτολεμαΐδας (ΑΕΒΑΛ, ΔΕΗ, κ.ά), αλλά και αστικά λύματα από τις πόλεις της Πτολεμαΐδας και του Αμύνταιου. Παρόλα αυτά κατά το μεγαλύτερο μέρος τα νερά της έχουν μεγάλη διαφάνεια, χαμηλές συγκεντρώσεις φωσφορικών αλάτων, αλλά και αρκετά υψηλές συγκεντρώσεις αζωτούχων ενώσεων. Πρόσθετα με αυτά, τα τελευταία χρόνια με την ελάττωση του όγκου των νερών της από τους σταθμούς της ΔΕΗ, η λίμνη περνάει ένα μεταβατικό στάδιο από την ολιγοτροφική προς τη μεσοτροφική κατάσταση με παραπέρα τάσεις προς την ευτροφική κατάσταση. Παρόλα αυτά η λίμνη βρίσκεται σε ισορροπημένη κατάσταση και αυτό οφείλεται κυρίως στα άφθονα υπόγεια νερά που προέρχονται από το γειτονικό ορεινό όγκο και που ανανεώνουν τα νερά της με γρήγορους ρυθμούς. Εδώ, πριν από αρκετά έτη, εμπλουτίστηκε  η λίμνη με το ψάρι κορέγονο που ευδοκίμησε και το οποίο σήμερα αποτελεί μεγάλης εμπορικής σημασίας αλίευμα. Προσπάθειες για ιχθυοτροφική εκμετάλλευση της λίμνης με πλωτούς ιχθυοκλωβούς δεν είχαν αποτέλεσμα και τούτο γιατί, ενώ το περιβάλλον για τη δραστηριότητα αυτή ήταν κατάλληλο, οι αλιείς δεν μπορούσαν να συνεταιριστούν και να αναλάβουν από κοινού τη σχετική ευθύνη και τα έξοδα των εγκαταστάσεων.
-Μικρή Πρέσπα: Ο εθνικός δρυμός της Μικρής Πρέσπας με την εκτεταμένη και πυκνή ανάπτυξη της υδρόβιας βλάστησης, ιδιαίτερα των καλαμιών, προσφέρει σημαντικές ποσότητες από φυτικό υλικό που αποσυντιθέμενο στον πυθμένα της λίμνης επιταχύνει τη γήρανση του οικοσυστήματός της. Επίσης, η λίμνη δέχεται τουλάχιστον εποχιακά αρκετά επιβαρυμένες  απορροές από τις γύρω γεωργικές καλλιέργειες. Η έλλειψη του διαλυμένου στο νερό οξυγόνου αρχίζει  να επεκτείνεται ολοένα και σε μεγαλύτερη έκταση, καθώς και οι αυξημένες συγκεντρώσεις των θρεπτικών αλάτων και η μικρή διαφάνειας στα νερά της. Η τροφική κατάσταση της λίμνης χαρακτηρίζεται ως μεσοτροφική  με επικίνδυνη φόρτιση θρεπτικών συστατικών. Ο σημαντικός αυτός διεθνούς σημασίας υγρότοπος από την άποψη των υδρόβιων πτηνών απειλείται, τόσο από εξωγενείς και αλλόχθονους παράγοντες, όσο και από αυτόχθονες, τοπικούς στους οποίους κυρίαρχο ρόλο καταλαμβάνει η υπέρμετρη και πυκνή ανάπτυξη των καλαμιώνων. Η απουσία κατάλληλου διαχειριστικού σχεδίου για τον οικολογικό έλεγχο και διαχείριση της υδρόβιας αυτής βλάστησης αποστερεί το οικοσύστημα από εκείνα τα χαρακτηριστικά που θα το χαρακτήριζαν πολύπλοκο και σταθερό, ενώ μόλις πρόσφατα συστήθηκε και λειτουργεί αποτελεσματικά όργανο διαχείρισης και προστασίας της περιοχής.
-Κορώνεια: Οι εντατικές γεωργοκτηνοτροφικές και άλλες δραστηριότητες στη λεκάνη απορροής της εμπλουτίζουν τα νερά της με αφθονία από θρεπτικά συστατικά, αλλά και τοξικές ουσίες. Η διαφάνεια των νερών της βρίσκεται σε χαμηλά επίπεδα, ενώ η έλλειψη του διαλυμένου στο νερό οξυγόνου γίνεται όλο και περισσότερο χαρακτηριστική με συχνούς θανάτους ψαριών. Η μαζική ανάπτυξη πλαγκτικών οργανισμών είναι σύνηθες φαινόμενο για τη λίμνη που παίρνει χρωματισμούς από βαθύ πράσινο μέχρι και βαθύ καστανόχρωμο μετά το θάνατο των οργανισμών αυτών. Σήμερα η λίμνη είναι ‘’υπό εξαφάνιση’’ αφού η στάθμη των νερών της έχει κατέβει σημαντικά, ενώ η έκτασή της έχει συρρικνωθεί τα μέγιστα. Παλαιότερα η λίμνη χαρακτηριζόταν από τους κυπρίνους της, τα σαζάνια και τα ενδημικά της είδη όπως ήταν η γκελάρτσα και το τυλινάρι. Σήμερα, η παραγωγή του κυπρίνου είναι προβληματική, ενώ έχουν εξαφανιστεί από τη λίμνη ψάρια που την χαρακτήριζαν όπως είναι ο γουλιανός, η λεστιά, το χέλι και η τούρνα. Η λίμνη γενικά χαρακτηρίζεται ως ευτροφική, συχνές είναι οι δυσάρεστες έως απαγορευτικές καταστάσεις που δημιουργούνται για την υδρόβια ζωή και την αλλοίωση του περιβάλλοντός της, ενώ οι χρήσεις του νερού με την απουσία διαχειριστικού οργάνου, είναι αλληλοσυγκρουόμενες μεγιστοποιώντας έτσι τα προβλήματα που έχουν γίνει εγγενή της περιοχής. Πρόσφατα με σχετικές Νομαρχιακές αποφάσεις τέθηκαν σε ισχύ διατάξεις που προβλέπεται ότι θα συμβάλλουν στο μετριασμό των δυσάρεστων καταστάσεων και στη προώθηση της προστασίας του περιβάλλοντος, ενώ βαθμιαία αλλά μακρόχρονα είναι δυνατή η αντιστροφή της υποβάθμισης με μέτρα, πρακτικές και διαχειριστικά σχέδια.
-Βιστωνίδα: Η αβαθής αυτή λίμνη-λιμνοθάλασσα δέχεται πλούσιο υλικό σε θρεπτικά συστατικά και ρύπους από αλλόχθονες πηγές ευτροφισμού, από  αστικά λύματα, γεωργοκτηνοτροφικές δραστηριότητες και βιομηχανικές-βιοτεχνικές δραστηριότητες της ευρύτερης περιοχής. Εξάλλου, τα νερά της Βιστωνίδας εμπλουτίζονται και με αυτόχθονες πηγές ρύπων και συστατικών που προέρχονται από τη λάσπη του πυθμένα της λίμνης που έτσι τροφοδοτείται συνεχώς το σύστημα με μεγάλες ποσότητες θρεπτικών  και άλλων συστατικών. Σε αυτά, θα πρέπει να προστεθεί και το θαλασσινό νερό που εισέρχεται περιοδικά στη λίμνη και την  εμπλουτίζει με επιπλέον θρεπτικές ουσίες και θειικά άλατα. Έτσι, πολύ συχνά δημιουργούνται ασφυκτικές για την υδρόβια ζωή συνθήκες και παράγεται υδρόθειο, τοξικό για την υδρόβια ζωή αέριο. Το οξυγόνο στα νερά της λίμνης βρίσκεται σε χαμηλά επίπεδα ή ελλείπει κοντά στον πυθμένα και η μαζική  υπεραφθονία στην ανάπτυξη του φυτοπλαγκτού διαρκεί τους περισσότερους μήνες κάθε έτος, ενώ υποβαθμίζεται εκτός των άλλων και η αισθητική του νερού χρωματίζοντάς το από πράσινη μέχρι καστανή χροιά. Οι περιβαλλοντικοί αυτοί παράγοντες στη λίμνη  ευνοούν και την ανάπτυξη  μολυσματικών ασθενειών για τα ψάρια και από καιρό σε καιρό ενσκήπτουν θάνατοι ψαριών και αποκρουστικό θέαμα. Η αλιευτική παραγωγή της λίμνης, αν και βρίσκονταν στο παρελθόν σε υψηλά επίπεδα, σήμερα υφίσταται έντονες μεταβολές και σημειώνονται σημεία υποβάθμισης ποιοτικά και ποσοτικά. Παρόλα αυτά οι δυσμενείς συνθήκες είναι δυνατό να μετριαστούν με πρακτικά και θεσμικά μέτρα για την ορθολογική διαχείριση του περιβάλλοντος και την ενίσχυση της ιχθυοπαραγωγής. Σημειώνεται με έμφαση ότι θα πρέπει να διαχειριστεί η υδρόβια βλάστηση με κατάλληλη τεχνογνωσία, να εκτραπούν από τη λίμνη οι οδοί μεταφοράς των ρύπων και να είναι συνεχής η εξυγίανσή τους, ενώ επιβάλλεται η εντατικοποίηση της λειτουργίας των λεκανών αναπαραγωγής και εκκόλαψης του κυπρίνου, ώστε γηγενή στελέχη να εμπλουτίζουν κάθε χρόνο τη λίμνη.
-Μεγάλη Πρέσπα: Η έκταση και ο όγκος της λίμνης απορροφούν κάθε δραστηριότητα που επιδρά στη λίμνη. Η μεγάλη διαφάνεια και τα οξυγονωμένα νερά μαζί με τις μικρές συγκεντρώσεις της στα θρεπτικά  άλατα κατατάσσουν τη λίμνη ως ολιγοτροφική. Η λίμνη μπορεί να προσφέρει οικοτουριστικές δραστηριότητες με τα ασκηταριά που διαθέτει, ενώ η προσφερόμενη αναψυχή με την πλαζ που απλώνεται στη γειτονία της με την Μικρή Πρέσπα αποτελεί πόλο έλξης επισκεπτών. Σχεδιάζεται, από το Εθνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών στα πλαίσια πόντισης πλωτήρων με κατάλληλους αισθητήρες στις ελληνικές θάλασσες για τη συνεχή παρακολούθηση του θαλάσσιου περιβάλλοντος, όπως επεκταθεί η παρακολούθηση του περιβάλλοντος και στα νερά της λίμνης Μεγάλης Πρέσπας που αποτελούν σύνορο μεταξύ της Ελλάδας της Αλβανίας και των Σκοπίων. Έτσι, θα ποντιστεί ειδική εξέδρα-κατασκευή η οποία θα  είναι εφοδιασμένη με ειδικούς αισθητήρες για να παρακολουθείται, σε διαρκή βάση, το υδάτινο περιβάλλον και τα κλιματικά χαρακτηριστικά της περιοχής στην προσπάθεια να μελετούνται οι παγκόσμιες κλιματικές μεταβολές στη βιόσφαιρά μας και να παρέχονται οι σχετικές πληροφορίες σε διακρατικό επίπεδο και σε χρήστες. 
-Καστοριά: Οι αστικές απορρίψεις από την πόλη της Καστοριάς κατά κύριο λόγο έχουν δημιουργήσει ευτροφισμό στα νερά της λίμνης ενώ όλα τα επακόλουθά του είναι εμφανή. Έτσι, στις αβαθείς περιοχές που άλλοτε εύρισκαν καταφύγιο τα ψάρια και αποτελούσαν πεδία ωοτοκίας και διαβίωσης των νεαρών ψαριών αρχίζουν να σπανίζουν, ενώ οι ασφυκτικές συνθήκες για την υδρόβια ζωή είναι ένα συνηθισμένο φαινόμενο. Η άλλοτε πλούσια σε αλιεύματα λίμνη που αποτελούσε με την Παμβώτιδα το σπουδαιότερο αλιευτικό κέντρο της ηπειρωτικής Ελλάδας, σήμερα βρίσκεται σε φθίνουσα κατάσταση, τόσο από άποψη ποσοτική, όσο και από την άποψη της αλλοίωσης των ψαριών που είχαν εμπορική σημασία. Για μεγάλα χρονικά διαστήματα κυριαρχούν η μικρή διαφάνεια, η έλλειψη του διαλυμένου οξυγόνου, η μαζική ανάπτυξη του πλαγκτού, η υπερβολική ανάπτυξη των καλαμιώνων, καθώς επίσης και μεταβολές στη σχετική αφθονία και την ποιοτική σύνθεση των αλιευμάτων της. Σήμερα η λίμνη μπορεί να χαρακτηριστεί ως υπερτροφική, ενώ η αισθητική της αξία συνεχώς  μειώνεται και αποκρουστική είναι η όψη των νερών της για μεγάλα χρονικά διαστήματα. Η διαχείριση των καλαμώνων και της υδρόβιας βλάστησης είναι δυνατό να προωθηθούν, κάτω από ορισμένη τεχνογνωσία ώστε να αποφορτιστεί σταδιακά το επιβαρυμένο περιβάλλον μιά που σήμερα λειτουργούν οι εγκαταστάσεις επεξεργασίας των λυμάτων της πόλης. 
-Δοϊράνη: Η λίμνη δέχεται επιδράσεις από τις γεωργικές απορροές και τις τουριστικές εγκαταστάσεις της πρώην Γιουγκοσλαβίας. Η διαφάνεια και η οξυγόνωση των νερών της είναι αρκετά καλή. Τα θρεπτικά της άλατα βρίσκονται σε οριακές συγκεντρώσεις και η τροφική της κατάσταση χαρακτηρίζεται ως ολιγο-μεσοτροφική. Η λίμνη αποτελεί ακόμη σημαντικό αλιευτικό κέντρο και αυτό έχει να κάνει με τα περκιά  που αποτελούν σημαντικά αλιεύματα. Η σταθεροποίηση της στάθμης της  αποτελεί σημείο τριβής με τους γείτονες και θα πρέπει να ρυθμιστεί με διακρατικές συμφωνίες.
-Ιωάννινα: Οι αστικές και εδώ απορρίψεις μαζί με το σε αποσύνθεση φυτικό υλικό που έχει συσσωρευτεί στον πυθμένα της λίμνης  έχουν αλλοιώσει το οικοσύστημά της. Η μικρή διαφάνεια στα νερά της, η έλλειψη διαλυμένου οξυγόνου, η μαζική ανάπτυξη του πλαγκτού και οι διαχρονικές μεταβολές στη σύνθεση των αλιευμάτων της δείχνουν την υπερτροφική κατάσταση της λίμνης. Σήμερα γίνονται αρκετές προσπάθειες για την εξυγίανση της λίμνης αλλά απουσιάζει ο συντονισμός ενεργειών. Με τη λειτουργία του βιολογικού καθαρισμού της πόλης, η λίμνη πλέον δεν δέχεται σε σημαντικό  βαθμό τα λύματα της πόλης πέρα από τις αθέατες και κρυφές απορρίψεις. Επίσης, για την αναβάθμιση της ποιότητας των νερών της Παμβώτιδας εδώ και μερικά έτη  έχει εμπλουτιστεί η λίμνη με χορτοφάγα και πλαγκτονοφάγα ψάρια με σκοπό να ελεγχεί η υπέρμετρη αφθονία του φυτοπλαγκτού και της υδρόβια μακροφυτικής βλάστησης. Για την ταχύτερη εξυγίανση της λίμνης και τη διάθεση περίσσειας νερού για τις αρδευτικές ανάγκες της γειτονικής γεωργικής περιοχής προβλέπεται ο εμπλουτισμός της λίμνης με καθαρά νερά από τον άνω ρου του ποταμού Άραχθου.
-Αμβρακία: Οι εντατικές γεωργικές καλλιέργειες και ιδιαίτερα του καπνού στη γύρω από τη λίμνη περιοχή δημιουργούν μια σοβαρή απειλή για το υδάτινο περιβάλλον και την υδρόβια ζωή της. Η εντατική χρήση του νερού της λίμνης για τις αρδευτικές ανάγκες της περιοχής, εμπλουτίζουν και συμπυκνώνουν με θρεπτικά συστατικά τα νερά της βαθιάς λίμνης Αμβρακίας, ενώ το βόρειο τμήμα της  που ήταν το ρηχότερο έχει εξαφανιστεί. Η μέση μέχρι μικρή διαφάνεια, οι σχεδόν χαμηλές συγκεντρώσεις του οξυγόνου στα πλησίον του πυθμένα νερά της και η μαζική ανάπτυξη του πλαγκτού κατά τη θερμή περίοδο, είναι μερικά από εκείνα τα χαρακτηριστικά που δείχνουν το μεσοτροφικό χαρακτήρα της λίμνης. Η λίμνη αποτελούσε άλλοτε σημαντικό πόρο συλλογής νεαρών κυπρίνων με τους οποίους εμπλουτίζονταν άλλες ελληνικές λίμνες.
Συμπερασματικά μπορούμε να πούμε ότι οι αβαθείς λίμνες στη χώρα μας δέχονται από φυσικές αιτίες (άνεμος, βροχή, νερά απορροών κ.ά), περισσότερα θρεπτικά συστατικά ανά μονάδα όγκου τους, παρότι οι βαθιές λίμνες και επομένως οι συγκεντρώσεις των θρεπτικών τους αλάτων είναι υψηλές. Πέρα από τις πιο πάνω ουσίες και εκείνες που προκύπτουν από την αποσύνθεση του οργανικού υλικού, χρησιμοποιούνται για την ανάπτυξη του πλαγκτού, ενώ το οξυγόνο που χρησιμοποιείται κατά τις πιο πάνω διεργασίες εξαντλείται εύκολα. Η αποσύνθεση για κάθε επιπλέον υλικό που έρχεται σε μιά υδάτινη περιοχή χρειάζεται περισσότερο οξυγόνο και έτσι κατά την πιο πάνω πορεία  παρατηρείται  έλλειψη του. Τις θερμές περιόδους η απαίτηση για οξυγόνο, τόσο από τους υδρόβιους οργανισμούς, όσο και για την αποσύνθεση των νεκρών τους συστατικών είναι μεγαλύτερη, οπότε η έλλειψη οξυγόνου και οι ανοξικές συνθήκες είναι συνήθεις και επιδρούν δυσμενώς στην υδρόβια ζωή. Αντίθετα, οι βαθιές λίμνες έμειναν σε κατώτερα τροφικά επίπεδα, λόγω μεγαλύτερης αφομοίωσης των εισερχόμενων θρεπτικών συστατικών, αλλά και επειδή ο μικρός εφοδιασμός των συστημάτων με φωσφορικές ενώσεις εμποδίζει συνήθως τη χρησιμοποίηση των νιτρικών θρεπτικών που σε περίσσεια εμπλουτίζουν τις υδατοσυλλογές στη χώρα μας.